Десет пъти съм инсталирал Кубунту, и такъв проблем съм нямал. С десен бутон на мишката-изпълнение на команда напиши Synaptic и трябва да ти се появи диалогов прозарец за стартиране на Synaptic
Като отвориш конзола и напишеш sudo Synaptic - пак трябва да ти зареди програмата.