Ако ползваш compiz (поне така ми се струва от скрийншота), може да постигнеш това, което искаш с един от плъгините му - мисля, че беше opacity-нещо-си (не ползвам compiz отдавна и карам по спомени само), където задаваш селектор за контекстното меню и желаното ниво на прозрачност (съвет - започни с ниски нива на прозрачност, да не се изненадаш от ефекта и да не можеш нищо да направиш после с мишката).
Ето примерно тук повече инфо:
http://technostripe.com/make-menus-transparent-with-compiz/Edit: сега видях, че искаш да смениш цвета, а не прозрачността - моя грешка. Все пак, ако ползваш compiz разгледай настройките на плъгините - мисля, че ще успееш.